水利工程的独有特点使之有别于其他工程。施工场所一般处于海边、山涧等河流密集、水利资源丰富的领域，因而带来的自然条件恶劣，地理位置复杂等因素都加大了控制的难度，对技术的要求极其严苛，给工程的质量提出巨大的考验。施工过程中可能会存在如下难点：

①水利灌溉工程与其他工程相比的特殊之处在于其施工的场所一般处于水资源相对丰富的场所，更能满足灌溉工程所需要的物质基础，但也伴随着更大的难度，因此在施工之前需要先对所在领域地基等具体情况进行充足的探测与检验。

②水利工程广泛应用于水资源控制领域，涉及防洪泄洪以及发电等相关工作，尤其在农业灌溉上有着突出的贡献。在施工开始前需要完善准备工作进行截留工程，将排出的水合理控制以免发生水灾，以上操作均需要在枯水期进行已达到预期效果。同时水质和气候等因素也会对整个施工产生相应的影响，做好准备工作，确保整个灌溉工程的有序进行。